La facturación de los honorarios médicos se realiza a medida que se va ingresando las prácticas en los módulos correspondientes. Deben estar los médicos en la base de datos de prestadores correctamente codificados, para que se pueda indicar correctamente el profesional que realizó la practica al momento de cargar ésta en el sistema. Ver datos de profesionales. Para calcular los honorarios de cada profesional para una práctica determinada, se utilizan los códigos del nomenclador de practicas médico sanatoriales, para estipular los valores y las unidades correspondientes de cada práctica. La base de datos correspondiente es la base de datos de contratos de prepagos y obras sociales, en la misma se define las formas de cálculo de los honorarios. Los valores de los datos que se calculan son pasible de modificación por parte del operador del sistema si este así lo determinara.

Liquidación de Honorarios

En base a los datos del  nomenclador , al valor de los honorarios y gastos el sistema controla lo estipulado en el contrato específico para cada obra social y ajusta los valores correspondientes. Para la liquidación de cada profesional en base a estos datos el sistema de acuerdo a los porcentuales fijados para cada prepaga u obra social en cada médico el sistema estipula los honorarios y gastos correspondientes a cada profesional en base a lo liquidado  en la facturación a la obra social para cada práctica.

Es necesario definir los valores máximos y en base a estos los porcentuales correspondientes a cada profesional.